实施次区域项目的组织框架是包括建立次区域层面和国家层面的工作小组。

        旅游部长或者国家旅游机构领导人的例会将对战略的实施进行领导和政策指导。包括：
        结合项目实施对GMS旅游工作组提供政策指导；
        使他们各自的政府支持次区域旅游战略；
        向GMS领导人会议提供建议；
        回顾战略实施过程，在必要的时候进行调整；
        每两年至少召开一次会议，并且轮流主持召开会议。

        旅游工作组将继续负责说明和指导次区域旅游开发项目的实施。包括：
        总结战略框架下的方案和项目，以确定其可行性，并且在合适的情况下，采取行动来修改完善原定计划；
        确定针对当地社区的项目的负面影响，包括妇女和少数民族群体；
        作为湄公河旅游协调办公室的董事会；
        为湄公河旅游协调办公室确定优先实施项目；
        总结和监控湄公河旅游协调办公室的项目实施工作；
        维持与开发伙伴的关系；
        在必要时，处理重大计划或者项目的终止；
        协调与其他区域和次区域工作组的关系；
        负责向GMS高官会议和旅游部长级会议报告工作；
        每年至少会晤两次。
     参加GMS旅游工作组的国家旅游机构的代表，要求至少是最高级别的专业人士，例如司长或副司长。

        湄公河旅游协调办公室（前湄公河旅游协调机构）是固定的在次区域层面处理旅游事务的组织机构。它负责：
        把次区域作为单一目的地促销；
        协调旅游战略及行动计划框架下的序幕实施工作；
        测定游客流量和旅游的影响；
        监控跨边境的开发工作；
        向旅游工作组提交例行的工作报告；
        承担旅游工作组秘书处的职责；
        维持与私营部门、国家旅游机构和开发伙伴的关系，包括对产业内的社会责任和义务的促进和监控。

        湄公河旅游协调办公室的人员构成包括：
        一位全日制的执行主任，负责对项目实施和营销工作进行全面管理；  
        一位项目协调员，负责项目协调、监管和组织会议等；
        一位秘书，负责办公室秘书处的日常工作。
        指定一位部长或者副部长级别的人员，轮流当任6-12个月的非执行主席，负责联系执行主任、旅游工作组和旅游部长之间的工作。湄公河旅游协调办公室直接向旅游工作组报告。
     湄公河旅游协调办公室先设在泰国旅游与体育部，该部将提供设备齐全的办公室，直到两年后湄公河旅游协调办公室可以承担费用为止。

        一个由国际和双边开发伙伴，包括来自妇女、少数民族和旅游企业代表组成的顾问委员会将向旅游工作组和湄公河旅游协调办公室提供咨询和支持。在旅游工作组的要求下，该委员会将负责：
        提供技术和资金援助，
        为促进项目的实施提供政策建议，
        为旅游工作组在社会和环境影响项目方面的事务提供支持，
        在必要时协助旅游工作组举办会议。

        指定一个私营部门合作伙伴小组支湄公河旅游协调办公室在市场营销和产品开发方面的工作。这个小组包括GMS旅游市场促销委员会、旅游协会、旅行商、航空及地面运输、接待企业、金融机构、石油公司、汽车出租和食品制造方面的高级代表。它的职责是：
        在产品开发和市场营销活动方面向湄公河旅游协调办公室提供建议，
        参与市场营销活动的组织，
        为湄公河旅游协调办公室的市场营销项目提供经费援助，
        协助组织召开湄公河旅游论坛，
        从环境和社会责任的角度监督和促进旅游开发，
        在需要的时候召开会议。

        每一个GMS国家指定一个国家旅游工作组，负责在战略项目实施方面加强国家层面的合作与协调，以及向旅游工作组提供更广泛和更有效的反馈机制。它的职责是：
        向国家旅游机构建议那些可以上升到次区域层面的关键问题，
        在国家层面对次区域项目的实施具有优先确定权，
        协助国家旅游机构在项目实施和资源方面与其他组织和开发伙伴进行协调，
        在国家层面总结和监督项目的实施过程，
        在必要的情况下召开会议。

        国家旅游工作组由国家旅游机构牵头，由包括来自国家级负责自然环境、文化、交通、安全、移民、领事事务以及部长级的协调劳动、妇女、少数民族和扶贫方面的高级代表组成。

        湄公河旅游论坛将作调整，以加强公共和私营部门之间在战略项目实施方面的对话。湄公河旅游论坛至少每年组织一次，由湄公河旅游协调办公室和主办国共同组织。另外，根据需要就战略方面的一些特殊问题组织年度的圆桌会议。

        牵头国家在国家旅游机构内设立一个项目协调单位(PCUs)，负责对项目参与国家的总协调。同时，每个参与国家都要设立项目实施单位(PIUs)。它在国家层面上负责次区域项目实施的日常工作。这些单位内的人员应该考虑到性别的问题。
        项目协调单位负责：
        为项目寻找资金支持；
        协助做好详细的项目说明、工作计划、可行性研究、合同文件和由项目实施单位选择承包商；
        检测项目实施和向国家旅游机构、国家旅游工作组和湄公河旅游协调办公室提供项目进展报告，包括社会责任和义务方面的情况。
各参与国家的项目实施单位负责：
        准备详细的项目说明、工作计划、可行性研究、合同文件和对承包商的评估；
        根据国家政府的规定协助选择合适的承包商；
        指导日常的项目实施；
        总结和评估所做工作的质量、数量和时间安排；
        定期向国家旅游机构、国家旅游工作组和项目协调单位报告项目进展情况。